TeamViewer มีการเข้ารหัสเต็มรูปแบบโดยใช้การแลกเปลี่ยนคีย์สาธารณะและคีย์ส่วนตัวแบบ RSA และการเข้ารหัสเซสชันแบบ AES (256 บิต) เทคโนโลยีนี้พัฒนาจากมาตรฐานเดียวกับ https/SSL และถือว่ามีความปลอดภัยอย่างยิ่งตามมาตรฐานปัจจุบัน นอกจากนี้ การแลกเปลี่ยนคีย์ยังรับประกันได้ว่าข้อมูลที่ใช้ร่วมกันระหว่างคอมพิวเตอร์จะได้รับการคุ้มครองอย่างเต็มที่อีกด้วย นั่นหมายความว่า แม้แต่เซิร์ฟเวอร์กำหนดเส้นทางของเราก็ไม่สามารถอ่านชุดข้อมูลดังกล่าวได้

TeamViewer พร้อมช่วยบริษัทต่างๆ ให้สามารถปฏิบัติตามข้อกำหนดของ HIPAA และ PCI ได้อย่างครอบคลุม โดยคุณลักษณะการรักษาความปลอดภัยสองชั้นจะนำเสนอระดับความปลอดภัยเพิ่มเติมเพื่อช่วยปกป้องบัญชีผู้ใช้ TeamViewer จากการเข้าถึงที่ไม่ได้รับอนุญาต และ TeamViewer ยังช่วยเตรียมความพร้อมในการปรับใช้ข้อกำหนด HIPAA และ PCI ด้วยการผสานรวมเข้ากับการควบคุมการเข้าถึงผ่านรายการที่อนุญาตให้ใช้ได้ โดยเมื่อใช้คุณลักษณะการรักษาความปลอดภัยสองชั้นเพิ่มเติมจากการใช้ชื่อผู้ใช้และรหัสผ่าน การลงชื่อเข้าใช้บัญชีผู้ใช้ TeamViewer จะต้องใช้รหัสที่สร้างบนอุปกรณ์มือถือด้วย ซึ่งรหัสดังกล่าวจะถูกสร้างโดยอัลกอริทึมของรหัสผ่านแบบใช้ครั้งเดียวตามเวลา (TOTP) ทั้งนี้ รหัส TOTP ได้รับการป้องกันโดย SRP ดังนั้นจึงมั่นใจได้ว่าจะไม่มีการแทรกแซงการสื่อสารหรือการโจมตีแบบ Man-in-the-Middle เกิดขึ้นได้