As versões comerciais do TeamViewer trabalham com uma completa criptografia, com base no RSA Public-/Private Key Exchange e AES (256 Bit) Session Encryption. Esta técnica é também aplicada na https/SSL e é considerada, segundo os atuais padrões, como completamente segura. Como o Private Key nunca sai do computador do cliente, este procedimento garante tecnicamente que outros computadores da Internet não poderão decifrar os dados transmitidos, nem o servidor de rota TeamViewer.

O TeamViewer ajuda empresas com suas especificações de conformidade com a HIPAA e a PCI. A autenticação de dois fatores adiciona uma nível extra de segurança para proteger as contas TeamViewer de acesso não autorizado. Junto com o controle de acesso por meio da lista branca, o TeamViewer permite que você esteja pronto para HIPAA e PCI. Com a autenticação de dois fatores, mais o nome do usuário e a senha, um código gerado em um dispositivo móvel é necessário para acessar uma conta TeamViewer. O código é gerado por meio do algoritmo da senha dinâmica baseada em tempo (TOTP). O código TOTP é protegido pelo SRP e é perfeitamente seguro contra ataques man-in-the-middle.